Железничката инфраструктура во Република Македонија е воспоставена уште во 1873 година, кога е изградена првата железничката пруга од Скопје до Солун во Грција. Денес железничката мрежа во Македонија изнесува околу 900 километри. Железничката мрежа во Македонија на север и југ е поврзана со железничката мрежа на Србија и Грција. Вкупната должина на железничката инфраструктура од Коридорот 8 (исток-запад) е околу 306 км на територијата на Република Македонија и 154 км (или 50%) се изградени и оперативни. Останатите 89 км или 29% од вкупната должина останува да се изградат и да се поврзат со Бугарија. 63 км или 21% од вкупната должина на врската со Албанија остануваат да се изградат. Железничкиот сообраќај е раководен од страна на јавното претпријатие “Македонски железници”, а во моментов, компанијата е единствениот снабдувач на железнички услуги во земјата. Осовременувањето на изградбата на железничката инфраструктура се темели на националната програма и тригодишниот бизнис план на ЈП МЖ Инфраструктура Скопје.
Компанијата располага со значителен парк од сопствени вагони, кои овозможуваат:
- Конвенционален превоз на стоки во отворени и затворени вагони;
- Превоз на растресита стока (жито, мелена руда и др.)
- Превоз на течни горива во специјализирани вагони;
- Превозна стока во контејнери на специјални плато вагони;
- Превозна стока во редовни маршрутни возови;
- Превоз на особени пратки;
- Превоз на живи животни;
- Превоз на опасни материи.
М.Ж.Транспорт има контејнерски терминал во Скопје Товарна, кој располага со соодветна техничка опрема, што овозможува утовар и истовар на товарени и празни контејнери.
Контејнерски превоз може да се врши до секоја станица на М.Ж. Транспорт, отворена за товарен сообраќај ако утоварно-истоварните операции на контејнерот се извршуваат на самиот вагон.
М.Ж. Транспорт нуди логистички услуги во областа на конвенционалниот транспорт на вагони и контејнери низ пругите во Македонија и во странство.
Преку коридорот 10 (Табановци-Гевгелија, на македонска територија), на југ се поврзува со Солунското пристаниште, а на север се поврзува со земјите од Балканот и Европа.